Meštani ne umeju da protumače postanak imena ovog sela. Znaju samo da se ono oduvek zvalo tim imenom, čak i kada je ono bilo u današnjem Selištu. Ipak, ispitivanjem porekla seoskih rodova, dolazi se do zaključka, da su ime Botunje doneli njegovi osnivači. Starac Milan Šarčević priča da su selo, pre 200 godina, osnovala dva roda; Šaškovići i Milovanovići – od kojih je Mladen Milovanović vojvoda iz Prvog ustanka. Za Šaškoviće se zna da su došli iz Župe pod Kopaonikom a na tim prostorima postoji selo Botunje te se nameće zaključak da su Šaškovići upravo došli iz tog sela. Tragovi starog naselja: Crkvina blizu Selišta i Grobljišto uz samo Selište gde su se ukopavali prvi stanovnici botunjski. U starine srpskog srednjevekovnkog doba, pre postanka sela, ubrajaju Botunjci Crkvinu na brdu Kapovcu, za koju misle da je ostatak negdašnje crkve Botunjice; Svatovsko Groblje, za koje pričaju da je dobilo ime stoga što su se sreli i pobili dvoji svatovi, koji su svi do jednog izginuli i ovde pokopani i Staro Selo. Na Straži je u tursko vreme bila straža za čuvanje druma.